Molecular Insect Identification

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik yang digunakan untuk memperkuat jumlah salinan wilayah tertentu dari DNA, dalam rangka untuk menghasilkan DNA yang cukup untuk diuji secara memadai. Teknik ini dapat digunakan untuk mengidentifikasi dengan probabilitas tinggi, dan dalam pertanian yang dapat diidentifikasi adalah penyakit, baik virus dan atau bakteri, dan hama.

Molekuler identifikasi spesies (moleculer species identification) menjadi lebih luas dalam diagnosia dan studi ekologi, khususnya berkaitan dengan serangga identifikasi morfologi yang sulit atau memakan waktu.

Identifikasi DNA spesies dapat menjadi alat yang sangat berguna dalam forensik entomologi. Meski tidak menggantikan idektifikasi spesies secara konvensional melalui identifikasi visual, dapat digunakan untuk membedakan antara dua jenis karakteristik fisik dan perilaku sangat mirip atau identik. Sebuah identifikasi menyeluruh dari spesies melalui metode konvensional diperlukan sebelum sebuah upaya untuk analisis DNA. DNA ini dapat diperoleh dari hampir setiap bagian dari serangga, termasuk tubuh, kaki, setae, antena, dll.

DNA sequencing pada dasarnya dilakukan dalam tiga langkah, antara lain polymerase chain reaction (PCR) yang diikuti oleh reaksi sequencing, kemudian gel elektroforesis. PCR merupakan langkah yang memotong rantai panjang kromosom menjadi potongan-potongan lebih pendek dan bisa diterapkan. Potongan-potongan ini digunakan sebagai pola intik membuat satu set fragmen. Fragmen ini berbeda panjangnya satu sama lain pada satu basa yang sangat membantu identifikasi. Set fragmem kemudian akan dipisahkan dengan gel elektroforesis. Proses ini menggunakan listrik untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran ketika melewati matriks gel. Dengan adanya arus listrik, kelompok untai DNA negatif bergerak menuju kutub positif dari arus. Fragmen DNA yg lebih kecil bergerak melalui pori-pori gel jauh lebih mudah atau lebih cepat daripada molekul yang lebih besar.

Misal ekstraksi pada serangga pemakan darah dilakukan dengan mengisolasi dan menganalisis dari perut serangga, pertama-tama serangga harus dibunuh dengan menempatkannya dalam etanol 96%. Serangga yang telah dibunuh dapat disimpan pada suhu -20°C sampai selanjutnya dapat dilakukan analisis. Apabila akan dianalisis, DNA didapatkan dari ekstraksi jaringan dengan membedah ujung posterior perut dan mengumpulkan 25 mg jaringan. Luka sayat di bagian atas perut harus dilakukan dengan silet dan dekat dengan bagian posterior untuk menghindari bagian perut. Untuk mengekstraksi DNA, menggunakan kit ekstraksi DNA. Jika DNA akan dicampur dengan sampel dari lebih dari satu individu, maka dapat dipisahkan menggunakan primer spesies tertentu. Setelah diekstrak dan terisolasi, sampel DNA berjalan melalui PCR, kemudian dapat diperjelas dan diidentifikasi.

PCR bekerja dengan cara menganalisis DNA mitokondria spesies tertentu. PCR saat ini merupakan metode yang paling umum digunakan untuk identifikasi spesies. Hasil ini berasal dari fakta bahwa hal ini sangat sensitif karena hanya membutuhkan sejumlah kecil bahan biologis, dan juga dapat memanfaatkan sejumlah kecil bahan biologis, dan juga dapat memanfaatkan materi yang tidak terlalu segar. Sampel dapat dibekukan dan disimpan sementara hingga dapat digunakan untuk PCR.

Untuk memperjelas DNA, pertama kali harus dilakukan denaturasi dengan menaikkan suhu hingga 95°C selama satu menit, diikuti oleh tiga puluh siklus dalam tiga puluh detik dalam suhu 95°C. Kemudian DNA yang telah terdenaturasi dicampur dengan primer spesifik. Kromatografi dilakukan pada 2% gel agarosa, stained dan dapat dilihat dengan fluoresensi UV. DNA diidentifikasi dengan mencari elemen genom yang berulang secara spesifik dan dengan membandingkannya dengan contoh yang telah diketahui.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s